Với doanh nghiệp:

• Khi doanh nghiệp gửi chuẩn thông điệp (XML) lên hệ thống có xuất hiện lỗi, hệ thống chỉ trả về thông báo lỗi chung, chưa chỉ ra cụ thể lỗi cho doanh nghiệp;
• Một số chuẩn thông điệp chưa phù hợp với NĐ100/2020/NĐ-CP;
• Sau khi gửi chuẩn thông điệp lên thành công, doanh nghiệp không biết trạng thái của thông điệp trên hệ thống hải quan;
• Hệ thống chưa xử lý sự trùng lặp của dữ liệu khi doanh nghiệp truyền chuẩn thông điệp lên hệ thống;
• Một số báo cáo doanh nghiệp gửi lên chưa trùng khớp với báo cáo trích xuất từ hệ thống hải quan, do sự khác biệt về tên hàng hóa giữa 2 hệ thống.

Với Cán bộ hải quan

•  Khi doanh nghiệp gửi thành công chuẩn thông điệp, hệ thống chưa có thông báo cho Cán bộ hải quan biết để thực hiện phê duyệt phiếu;
• 1 số chức năng chưa đáp ứng theo NĐ100/2020/NĐ-CP, dẫn đến việc đối chiếu dữ liệu hệ thống và dữ liệu thực tế gặp nhiều khó khăn;
• Cán bộ hải quan phải thực hiện duyệt quá nhiều phiếu;
• Việc thực hiện duyệt báo cáo doanh nghiệp gửi lên gặp nhiều khó khăn, do dữ liệu trích xuất từ hệ thống không trùng khớp với dữ liệu doanh nghiệp;
• Hệ thống hiện tại chỉ quản lý hàng hóa, hàng mẫu, hàng thử, chưa quản lý túi, bao bì;
• Việc quản lý tem dán cho hàng hóa kinh doanh hàng miễn thuế đang gặp khó khăn.